单细胞ATAC-seq表观遗传毒性响应

信息概要

单细胞ATAC-seq表观遗传毒性响应检测是一种基于单细胞染色质可及性测序技术的高通量分析方法，用于评估外源化合物或环境因素对细胞表观遗传状态的毒性影响。该检测通过分析染色质开放区域的变化，揭示毒性物质对基因调控网络的干扰机制，为药物安全性评价、环境毒理学研究以及疾病机制探索提供重要依据。检测结果可用于识别表观遗传毒性标志物，指导毒性风险评估和精准医学研究。

检测项目

染色质开放区域数量, 转录因子结合位点变化, 差异可及性区域分析, 启动子可及性变化, 增强子可及性变化, 核小体占位变化, 表观遗传异质性分析, 细胞聚类分型, 基因调控网络重构, 毒性相关通路富集分析, 表观遗传毒性评分, 细胞周期相关染色质变化, DNA甲基化关联分析, 组蛋白修饰关联分析, 非编码RNA调控区域分析, 细胞命运决定区域变化, 应激响应相关染色质重塑, 细胞特异性开放区域鉴定, 表观遗传毒性剂量效应分析, 时间依赖性表观遗传变化

检测范围

药物候选化合物, 环境污染物, 工业化学品, 农药残留, 食品添加剂, 化妆品成分, 纳米材料, 重金属, 内分泌干扰物, 致癌物质, 生殖毒性物质, 神经毒性物质, 免疫毒性物质, 心血管毒性物质, 肝毒性物质, 肾毒性物质, 呼吸系统毒性物质, 发育毒性物质, 遗传毒性物质, 表观遗传毒性物质

检测方法

单细胞核分离技术：通过温和裂解方法获得完整细胞核

转座酶可及性染色质测序：使用Tn5转座酶标记开放染色质区域

单细胞捕获技术：基于微流控或微孔板实现单细胞分离

文库构建方法：构建带有细胞条形码的测序文库

高通量测序：采用Illumina平台进行双端测序

质量控制分析：对原始测序数据进行质量过滤

序列比对：将reads比对到参考基因组

peak calling：识别染色质开放区域

细胞聚类分析：基于染色质开放图谱进行细胞分型

差异可及性分析：比较不同处理组间的染色质开放差异

转录因子足迹分析：预测转录因子结合位点

基因调控网络分析：构建毒性响应相关调控网络

通路富集分析：识别毒性相关信号通路

表观遗传毒性评分：量化细胞毒性响应程度

数据可视化：生成可交互的分析结果图表

检测仪器

10x Genomics Chromium系统, Illumina NovaSeq 6000, Agilent 4200 TapeStation, Qubit 4.0荧光计, Covaris M220超声破碎仪, Bio-Rad CFX96实时PCR仪, Eppendorf离心机, Nanodrop分光光度计, Beckman Coulter流式细胞仪, Leica显微镜, Thermo Fisher Scientific细胞计数仪, Bioruptor超声仪, Labconco生物安全柜, Thermo Scientific制冰机, Eppendorf移液器

北检院部分仪器展示