PRRSV分离株ORF5基因重组位点检测

信息概要

PRRSV分离株ORF5基因重组位点检测是一项针对猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）ORF5基因的重组位点进行精准识别的专业检测服务。ORF5基因编码病毒的主要囊膜蛋白，是PRRSV毒力、免疫逃逸和遗传变异的关键区域。通过检测ORF5基因的重组位点，可明确病毒株的遗传背景、进化关系及潜在流行趋势，为疫病防控、疫苗研发和养殖场生物安全策略提供科学依据。本检测采用高通量测序与生物信息学分析技术，确保结果准确性和可靠性，适用于科研机构、养殖企业及疫苗生产单位的病毒监测需求。

检测项目

ORF5基因全长序列测定, 重组位点定位分析, 同源性比对, 系统进化树构建, 毒力相关位点筛查, 糖基化位点预测, 抗原表位变异分析, 基因型分型, 亚型鉴定, 插入/缺失突变检测, 单核苷酸多态性(SNP)分析, 重组事件验证, 跨株重组频率统计, 保守区段评估, 变异热点区域识别, 开放阅读框完整性检测, 非 synonymous突变分析, 启动子区变异筛查, 跨膜区结构预测, 病毒重组历史追溯

检测范围

北美型PRRSV野毒株, 欧洲型PRRSV野毒株, 疫苗衍生重组毒株, 经典毒株, 高致病性毒株, 低致病性毒株, 田间流行变异株, 实验室传代毒株, 细胞培养适应株, 临床组织分离株, 血清阳性样本, 精液携带毒株, 气溶胶样本毒株, 胎盘组织分离株, 弱毒疫苗株, 灭活疫苗株, 嵌合疫苗株, 基因工程改造株, 跨种传播变异株, 混合感染重组株

检测方法

高通量Illumina测序：采用二代测序技术获取ORF5基因全序列数据

Sanger测序验证：针对特定重组区域进行双向测序确认

多重PCR扩增：同步检测多个重组热点片段

RACE技术：确定ORF5基因5'和3'端完整序列

生物信息学重组分析：使用RDP4软件检测重组断点

最大似然法进化分析：通过PhyML构建系统发育树

贝叶斯系统发生推断：采用MrBayes评估重组历史

三维蛋白结构建模：SWISS-MODEL预测重组对GP5蛋白的影响

荧光定量PCR：定量检测重组株病毒载量

限制性片段长度多态性：快速筛查已知重组模式

单分子实时测序：PacBio技术检测复杂重组事件

纳米孔测序：Oxford Nanopore实现长片段重组分析

数字PCR：绝对定量特定重组变异体

高通量质谱：鉴定重组相关的蛋白修饰

微滴式数字PCR：超高灵敏度检测低频重组株

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000, ABI 3730xl测序仪, PacBio Sequel II, Oxford Nanopore GridION, Qubit荧光定量仪, Bio-Rad CFX96 qPCR仪, 3500 Genetic Analyzer, MiSeq FGx微型测序仪, QuantStudio 12K Flex, 2100 Bioanalyzer, QIAxcel Advanced系统, LightCycler 480 II, 7500 Fast Real-Time PCR系统, NanoDrop One, Agilent 4200 TapeStation, Fragment Analyzer

北检院部分仪器展示