空间转录组陈化检测

信息概要

空间转录组陈化检测是一种基于高通量测序技术的先进检测方法，用于分析组织样本中基因表达的空间分布及其随时间的变化。该检测能够精确识别细胞类型、基因活性以及组织微环境中的分子互作，为疾病机制研究、药物开发和个性化医疗提供关键数据。其重要性在于揭示组织衰老、病变或外界刺激下的分子动态变化，助力精准医学和生物标记物发现。

检测项目

基因表达谱分析，空间基因定位，细胞类型注释，差异表达基因筛选，功能富集分析，通路活性评估，细胞间通讯分析，组织区域划分，陈化相关基因鉴定，RNA剪切变异检测，转录因子活性预测，代谢通路映射，免疫微环境分析，细胞周期状态评估，表观遗传修饰关联，样本间一致性检验，突变位点检测，拷贝数变异分析，微生物共定位，数据可视化建模

检测范围

肿瘤组织，神经组织，心血管组织，免疫组织，肝脏组织，肾脏组织，肺组织，肠道组织，皮肤组织，肌肉组织，骨骼组织，脂肪组织，内分泌组织，生殖系统组织，胚胎发育组织，干细胞衍生组织，炎症病变组织，纤维化组织，移植器官组织，感染病原体宿主组织

检测方法

原位杂交测序（ISS）：通过荧光探针实现RNA分子的原位捕获和测序

空间条形码技术：利用寡核苷酸条形码标记组织位置信息

单细胞RNA-seq整合分析：将单细胞数据与空间信息匹配

图像分割算法：基于H&E染色图像划分功能区域

空间转录组芯片：高密度寡核苷酸芯片捕获局部转录本

多重荧光免疫组化：蛋白质与RNA共定位分析

激光显微切割：精准分离特定组织区域进行测序

空间代谢组联合分析：结合代谢物分布数据

机器学习聚类：识别空间表达模式特征

三维重建技术：构建组织立体表达图谱

时间序列比对：追踪基因表达动态变化

空间变异检测：分析区域特异性突变

细胞邻域分析：量化微环境相互作用

多组学数据整合：关联表观遗传和蛋白组数据

质量控制标准化：确保数据重现性和准确性

检测仪器

10x Genomics Visium平台，Nanostring GeoMx DSP，Slide-seq芯片，MERFISH成像系统，HiSeq X10测序仪，NovaSeq 6000，Confocal显微镜，CODEX多色荧光系统，Leica激光显微切割仪，BD Rhapsody，Fluidigm C1，Oxford Nanopore PromethION，PacBio Sequel IIe，Agilent Bioanalyzer，Illumina NextSeq 550

北检院部分仪器展示